遺伝子による検査のススメ

試薬選択ガイド

微生物推定解析の流れ
コロニー


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コロニーから簡易抽出

<細菌・真菌>
SimplePrep reagent for DNA(製品コード 9180)
MightyPrep reagent for DNA(製品コード 9182)
アルカリ熱抽出、ビーズ処理など

難抽出にはゲノムDNA精製キットを推奨

スピンカラムで高純度に精製します。



2. PCR(+増幅産物の精製)
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微生物推定解析専用PCRキット(細菌用・真菌用)

高速PCR対応酵素を使用し、反応時間を短縮

第十七改正日本薬局方収載プライマーを使用し、PCR試薬とシーケンスプライマーをセットにしたオールインワンキット

細菌16S rDNA全長塩基配列解析には・・・

PCR装置

グラジエント機能を搭載したコンパクトなPCR装置
Thermal Cycler Dice Touch(製品コード TP350)

増幅産物の精製

操作時間はわずか10分、
  シリカメンブレンスピンカラム
NucleoSpin Gel and PCR Clean-up(製品コード 740609.10/.50/.250)


3. シーケンス解析
「プレミックスシーケンス解析」受託サービス
受入れサンプル*でそのまま塩基配列解析を行います。解析データはウェブサイトからダウンロードでき、迅速・簡単に解析結果をご確認いただけます。
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サービス項目 参考価格 参考納期
プレミックスシーケンス解析
(8連チューブ)
¥8,400/8連チューブあたり 2営業日
(弊社午前サンプル着から起算)
プレミックスシーケンス解析
(96ウェルプレート)
¥40,320/96ウェルプレートあたり 3営業日
(弊社午前サンプル着から起算)

* 受入サンプル:
鋳型DNAとシーケンスプライマーを混合し、8連チューブあるいは96ウェルプレートへ分注したもの

プレミックスシーケンス解析受託サービス流れ


5. 相同性検索
アセンブルされたDNA配列をNCBI BLASTなどのデーターベースで検索し、細菌・真菌の種類を類推します。 NCBIからは、BLASTアルゴリズムを実装したプログラムをダウンロードして利用することができます。NCBI BLASTやDDBJはウェブサイト上で使用できます。
NCBI:https://ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI BLAST:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
DDBJ:http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html