遺伝子による検査のススメ

試薬選択ガイド

微生物推定解析の流れ
コロニー


詳細はこちら
微生物推定／細菌叢解析
合わせてパンフレットもご覧ください。パンフレットはこちら

■コロニーから簡易抽出

＜細菌・真菌＞
● SimplePrep reagent for DNA（製品コード 9180）
● MightyPrep reagent for DNA（製品コード 9182）
● アルカリ熱抽出、ビーズ処理など

■難抽出にはゲノムDNA精製キットを推奨

スピンカラムで高純度に精製します。



PCR（＋増幅産物の精製）
詳細はこちら

微生物推定解析専用PCRキット（細菌用・真菌用）

■高速PCR対応酵素を使用し、反応時間を短縮

■第十八改正日本薬局方収載プライマーを使用し、PCR試薬とシーケンスプライマーをセットにしたオールインワンキット

Bacterial 16S rDNA PCR Kit Fast (800)（製品コード RR182A）
Fungal rDNA (ITS1) PCR Kit Fast（製品コード RR183A）
Fungal rDNA (D1/D2) PCR Kit Fast（製品コード RR184A）
■細菌16S rDNA全長塩基配列解析には・・・
Bacterial 16S rDNA PCR Kit（製品コード RR180A）

PCR装置

 ■グラジエント機能を搭載し、安定したPCR反応が可能なコンパクトサーマルサイクラー
Clontech PCR Thermal Cycler GP（製品コード WN400）

増幅産物の精製

 ■操作時間はわずか10分、
　　シリカメンブレンスピンカラム
NucleoSpin Gel and PCR Clean-up（製品コード 740609.10/.50/.250）


シーケンス解析
得られた精製増幅産物に対してキットに含まれるSequencing Primer Fを使用してシーケンス解析（片鎖解析）を行います。必要に応じて、Sequencing Primer Rも使用し両鎖解析を行うと、精度の高いシーケンスデータが得られます。


相同性検索
アセンブルされたDNA配列をNCBI BLASTなどのデーターベースで検索し、細菌・真菌の種類を類推します。 NCBIからは、BLASTアルゴリズムを実装したプログラムをダウンロードして利用することができます。NCBI BLASTやDDBJはウェブサイト上で使用できます。
NCBI：https://ncbi.nlm.nih.gov/
NCBI BLAST：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi