1. 検索項目の入力について
- ORGANISM：
- 対象生物種（Human, Mouse, Rat, Cow, Dog, Chicken, Arabidopsis, Oryza）を選択してください。
- GenBank Acc (Ensembl ID)：
- ヒト、マウス、ラットではNCBI RefSeq登録遺伝子のうち、GenBank Acc.が"NM_"および"NR_"で始まる遺伝子の大部分をカバーしています。 ウシ、イヌ、ニワトリではNM_及びXM_で始まる遺伝子が対象となります。 "NM_"、"XM_"以外のGenBank accessionでも、一部検索可能です。
シロイヌナズナ、イネでは、Ensembl Plants登録遺伝子のIDが対象です。
- GeneID (LocusID)：
- ヒト、マウス、ラット、ウシ、イヌ、ニワトリでは、NCBI Entrez GeneのID（旧LocusLinkのID）に代わるものです。
シロイヌナズナ、イネでは、Ensembl Plants GeneのIDです。
- KeyWord：
- 遺伝子名（部分一致）、シンボル名（部分一致）、Primer Set ID（完全一致）が検索対象になります。
遺伝子名とシンボル名は、大文字小文字を区別しません。Primer Set IDは、大文字小文字を区別します。
- ＜遺伝子名、シンボル名のAND検索＞
- キーワードとキーワードとの間にスペースがあれば、AND条件で検索します。
入力例：protein kinase
- ＜遺伝子名、シンボル名のNOT検索＞
- 半角スペースの後に、"-"（半角マイナス）を使って指定されたキーワードを含まないものを検索します。
入力例：kinase -protein
- ＜遺伝子名、シンボル名のフレーズ検索＞
- ""でくくられたキーワードをひとつの文字列として検索します。
入力例："adenylate kinase 1"
- Only for oligo-dT primed template：
- ここにチェックを入れると、oligo-dTプライマーを使用した逆転写産物を鋳型とするPCRに使用できるプライマーだけを検索結果に表示します。
※polyAを持たないncRNAもこの検索で表示されますが、polyAを持たないncRNAの場合、逆転写反応にはランダムプライマーをご使用ください。
2.検索について
複数の検索項目を入力された場合、AND検索になります。
3. 検索結果の各項目について
- GeneID：
- ヒト、マウス、ラット、ウシ、イヌ、ニワトリでは、ID番号をクリックするとNCBI Entrez Gene（旧LocusLinkに該当）のlocusデータにジャンプし、そのlocusのさまざまな遺伝子情報を確認することができます。 シロイヌナズナ、イネではEnsembl Plantsの該当ページにリンクしています。
- Symbol：
- Entrez Geneに掲載されたOfficial Symbolです。シロイヌナズナ、イネでは表示されません。
- Name (description)：
- Entrez Geneに登録された遺伝子名です。
- GenBank Acc：
- AccessionをクリックするとNCBI GenBank該当遺伝子データもしくはEnsembl Plantsの該当遺伝子ページにジャンプし、遺伝子情報を確認することができます。
- Related：
- RefSeq登録遺伝子以外で対応が付けられたGenBank登録遺伝子のaccessionを表示します。
- Gene size：
- 設計対象遺伝子の配列長です。
- Primer Set ID：
- 各プライマーセットに固有のIDです。
- Position：
- PCRで増幅される領域のほぼ中心の遺伝子上での位置です。増幅領域はおよそ100 bpですので、増幅領域の目安となります。
はランダムプライマー逆転写反応産物に適します。
は遺伝子の3’末端から1.5 kb以内に設計されたプライマーであり、オリゴdTプライマー逆転写反応産物に適します。
※polyAを持たないncRNAにもが表示されますが、polyAを持たないncRNAの場合、逆転写反応にはランダムプライマーをご使用ください。
- Intron size：
- 増幅領域にexon-junctionを含む場合、ゲノム上のイントロンサイズを表示します。複数ある場合はそれぞれのイントロンサイズを表示しています。
exon-junctionを含まない場合、対象遺伝子がゲノムに上手くマッピングできずexon-junctionの位置が決定できない場合には "-" と表示されます。
増幅領域にexon-junction（イントロン）を含む場合、イントロンサイズに応じて、ゲノムDNAが混入しているRNAサンプルでもゲノムDNA由来の増幅が起こらないか対象遺伝子の増幅と区別できる可能性が高くなります。
- Variants：
- 対象遺伝子以外に増幅する可能性のあるtranscript variantのAccession番号を示しています。本システムでは対象遺伝子以外の遺伝子を増幅するプライマーはすべて除去されていますが、transcript variantを増幅する可能性のあるプライマーセットは残しています。
- Variants Cover率：
- [増幅する可能性のあるvariant数]/[全variant数]を表示しています。X/Xは全てのVariantに共通のプライマー、１/Xは検索遺伝子に特異的なプライマーとなります。
Variants Cover率に＊印のある場合、増幅サイズの異なるVariantが存在します。
例：Variantが7種ある遺伝子で、＊印がありVariants Cover率が2/7(7/7)と表示されているPrimer Set IDの場合
以下の表のように7種すべて増幅はされますが、2種のVariant以外は異なるサイズで増幅されるため、Variants Cover率に含まれておりません。
増幅サイズが異ならないプライマーをご希望の場合は、カスタム設計で設計が可能な場合がございます。
こちらよりご希望の設計内容を記載の上、お問い合わせください。
- House keeping gene：
- 選択した生物種でhouse keeping geneとして使用される遺伝子のプライマーを表示します。シロイヌナズナ、イネでは、表示されません。
4. 各種ボタン
- 【検索】
- 検索を開始し、結果が下段に表示されます。
- 【Cart in】
- 興味のあるプライマーセットをカートに入れることができます。 カートに入れたプライマーセットが購入候補となります。この段階で発注となるわけではありません。
- 【カートへ】
- カートの情報を見ることができます。選択したプライマーの購入はこちらから行います。
- 【ご注文履歴へ】
- ご注文履歴ページへ移動することができます。
ご注文履歴ページでは、過去に注文したプライマーセットの一覧を見ることができます。プライマー詳細情報へは、ご注文履歴ページから進みます。
5. Perfect Real Timeサポートシステムに対応していない設計
有効なaccessionやkeywordでも検索結果にプライマーが表示されないことがあります。その場合、以下の理由が考えられます。- GenBankに新しく登録されたなどの理由で、まだ設計されていない。
- 設計は可能だが、本システムの基準を満たすプライマーが得られなかった。
- プライマー配列は本システムの基準を満たしたが、特異性が本システムの基準を満たさなかった。
※ 本システムの登録遺伝子の設計では一律的な基準を適用しています。カスタム設計によって個々の遺伝子の事情を考慮すれば設計できる場合がありますのでご相談ください。（Perfect Real Timeサポートシステムに対応していない設計）
・記載されている内容は、予告なく変更する場合があります。あらかじめご了承ください。
