トラブルシューティング

■反応について

  • Allele1検出用プローブにおいて、Allele2 homoのサンプル(Allele2検出用プローブにおいて、Allele1 homoのサンプル)で蛍光シグナルが得られる場合、約3℃間隔でアニーリング温度を上げ、反応条件を検討してください(62℃までを推奨します)。改善がみられない場合は、別のプライマー・プローブ候補をお試しください。
  • 精製ゲノムサンプルを使用した場合に、増幅曲線のベースラインが徐々に上昇するときは、約3℃間隔でアニーリング温度を上げ、反応条件を検討してください(62℃までを推奨します)。改善がみられない場合は、別のプライマー・プローブ候補をお試しください。

※配列によっては、上記の方法でも改善がみられない場合があります。候補として提示されるプライマー・プローブは実験による確認を行ったものではなく、反応性や特異性を保証するものではないことをご了承ください。



■プライマー・プローブの設計について

例1:2アレル識別設計において片側のプローブ設計ができない場合

2つの設計対象アレルに対し片側の特定塩基検出用のプローブ設計ができない場合、設計結果は表示されません。

片側の特定塩基検出用のプローブ設計ができない場合の結果表示画面
この例ではSNP siteをC/Tとして設計しましたが、図の表示になりました。
これは、T検出用プローブの設計はできるが、C検出用プローブの設計はできないことを示します。
T検出用だけでも良ければ、再度、配列情報を入力して、設計検索を行うことが可能です。
SNP site“T”を選択して、Design ボタンをクリックしてください。

例2:2アレル識別設計において2波長同時検出用プローブ設計ができない場合

2つの設計対象アレルに対し2波長同時検出可能なプローブの組合せで設計ができない場合、設計結果は表示されません。

2波長同時検出可能なプローブの組合せで設計ができない場合の結果表示画面
この例ではSNP siteをC/G として設計しましたが、図の表示になりました。
これは、C検出用プローブ、G検出用プローブの単独検出用のプローブは設計できるが、1つの反応系で2波長同時に検出する設計ができないことを示しています。

この場合、C検出系とG検出系を別反応で検出することができる可能性があります。 再度、配列情報を入力して、SNP site “G”を選択して、Design ボタンをクリックすることでG検出系を設計します。
さらに配列情報を入力し、SNP site“C”を選択して、Design ボタンをクリックすることでC検出系を設計します。

SNP site“G”として検索をかけた場合
SNP site G として検索をかけた場合の結果表示画面

SNP site“C”として検索をかけた場合
SNP site C として検索をかけた場合の結果表示画面

それぞれ3セット(プライマー2本、プローブ1本)が候補として選ばれましたので、配列を確認の上、ご希望のセットのReporter標識を選択の上、Cart Inをクリックします。
この例の場合、C検出系とG検出系で候補1を選択された場合も、Primer Rが同じ配列となますが、セット価格でのご提供となりますので、予めご了承ください。

例3:プローブに適したプライマーの設計ができない場合

設計されたプローブ候補に適合したプライマーの設計ができなかった場合、設計結果は表示されません。

プローブに適したプライマーの設計ができない場合の結果表示画面
この場合、設計対象の遺伝子配列が短い可能性があるため、入力配列を、SNP site (*) を中央に設定し、配列を長め(全長500base程度)にして再設計を試みます。
再設計においても設計できない場合は、残念ながら本システムでの設計はできません。


公開しているソフトで設計できない場合は、カスタムで設計できる場合がございます。 こちらよりご相談ください。