一塩基多型（SNP：single nucleotide polymorphism）のタイピングを行う場合、多型部位をカバーするようにRNA部分を設定した、蛍光標識の異なる野生型、変異型のサイクリングプローブをデザインすることがポイントとなる。これらのプローブとRNase H存在下で、調べたい多型部位を含む領域のPCR増幅を行いながら、リアルタイムに蛍光強度の変化をモニタリングすることで、迅速かつ正確なタイピングを行うことが可能である。
SNP解析用サイクリングプローブの設計について
以下のような条件になるように設計しています。- 増幅鎖長は、90～300 bp
- プローブ鎖長は、7～14塩基
- プローブのRNA塩基は、Aまたは、G塩基とする（プローブがRNaseA耐性となる）
- プローブのRNA塩基は、SNPサイトまたは、SNPサイトの3’側隣に設定する
