ヒトexonプライマー設計システムの使い方 プライマーの検索とオンライン注文

ログインから検索、注文、履歴参照、プライマー情報参照を順を追って説明します。

I. ログイン
デザインサイトを利用するには”タカラバイオWEB会員”に登録が必要です(無料)。
会員登録することでヒトexonプライマー設計システムの利用だけでなく他のWEBサービスもご利用できるようになり、オンライン注文もスムーズに行えるようになります。

  1. 未登録の方は【会員登録】ボタンを押して会員登録を行ってください。
  2. 登録されたユーザーIDとパスワードを入力します。 【ログイン】ボタンを押すとヒトexonプライマー設計システムの検索画面が開きます。
    ※SSL通信では通信内容が暗号化され、セキュリティー上安心してサービスをご利用いただけます。
II. 検索項目の入力
  1. GeneID(NCBI Entrez Gene の ID)、Symbol、Keyward、GenBank Acc(NCBIに登録されたID)、Reference SNP(refSNP)、(hg19)genome positionのいずれか1つを入力してください。
  2. 【検索】ボタンを押すと検索を行い、結果が下段に表示されます。

ヒトのNCBI RefSeq登録遺伝子のうち、GenBank Accが”NM_”と”NR_”で始まるエキソンの大部分をカバーしています。
KeyWordに入力された語句はNCBI GenBank、Entrez Gene (旧Locus Linkに相当)に記載された遺伝子名、Symbol名に対して部分一致検索されます。
以下のようにして検索条件を詳細に指定することができます。
<AND検索>
キーワードとキーワードとの間にスペースがあれば、ANDの関係と解釈します。
入力例:protein kinase

<NOT検索>
"-"(半角マイナス)を使って、指定されたキーワードを含まないものを検索できます。
入力例:kinase -protein

<フレーズ検索>
""でくくられたキーワードをひとつの文字列として検索します。
入力例:"family 3" P450
III. 検索結果
検索条件にマッチした遺伝子のプライマーセットが表示されます。
左端のエキソン情報をクリックしてください。

検索結果の各項目について

GenBank Acc
AccessionをクリックするとNCBI GenBank該当遺伝子データにジャンプし、遺伝子情報を確認することができます。
GeneID
ID番号をクリックするとNCBI Entrez Gene(旧LocusLinkに該当)のEntrez Geneデータにジャンプし、そのEntrez Geneのさまざまな遺伝子情報を確認することができます。
Symbol
Entrez Geneに掲載されたOfficial Symbolです。
Name
Entrez Geneに登録された遺伝子名です。
増幅
弊社設計のエキソン増幅プライマーセットで増幅しない領域を含む場合は、▽の記号がついています。




上段の全Exon増幅プライマーセット一括購入のCart inをクリックし、一括ご購入いただくことも可能ですが、このチュートリアルでは、個別のプライマーセットごとにご購入いただく方法についてご説明します。

下段の左端にExon No.を表示しています。目的とされるExonの行の詳細確認画面をクリックすれば、個別Exonと各プライマーとの位置を図示した詳細画面に移動します。



(上段の個別Exon増幅プライマーセット一括購入のCart inをクリックすれば、一括ご購入いただくことも可能ですが、このチュートリアルでは、個別のプライマーセットごとにご購入いただく方法についてご説明します。)

下段は、ゲノムDNAを鋳型にプライマーセットでPCRして得られたPCR産物とゲノム上のExonの位置関係をおおまかに示しています。 PCR産物の両端100 bpは、サンガーシーケンスをした場合、塩基配列解析制度が低い領域ですので、内側と異なる色で表示しています。左端の青い文字(Primer Set ID)をクリックすれば、個別プライマー注文画面に移ります。

各Primer Set IDの右端のCart inをクリックすれば、カートに格納されます。
右上の【カートへ】ボタンをクリックすれば、カート画面が表示されます。


検索結果の各項目について
Exon No
各遺伝子の5'末端のエキソンから昇順(1,2,3・・・・)に番号を付けています。
Chr
遺伝子が含まれる染色体番号を示しています。
start
各エキソンの染色体ゲノム上の開始位置を示しています。
end
各エキソンの染色体ゲノム上の終止位置を示しています。
strand
遺伝子が(+)strand上の場合は+を、(−)strand上の場合は−を表示します。
PCR product(cebnter)
PCR産物の中心位置が、染色体ゲノム上のどこの位置に相当するかを示しています。
Totally covered exon
PCR産物の両末端100 bpは、サンガーシーケンスをした場合解析精度が低くなりますので、PCR産物の両末端100 bpを除いた領域で、かつエキソン全領域が含まれるExon Noを表示していています。また各Exon Noは、コンマで区切っています。
Covered exon
PCR産物の両末端100 bpより内側の領域で、エキソンの全領域または領域の一部が含まれるExon Noを表示していています。また各Exon Noは、コンマで区切っています。


IV. カート情報

【本数】欄で注文したい本数を選択します。
【削除】ボタンでカートに入っているプライマーセットを削除することができます。
【レジへ】ボタンを押すことで、オンライン注文フローへと進みます。
V . 「ヒトexonプライマー設計システム注文内容確認」画面
ご注文内容をご確認いただく画面です。

単価、合計は自動計算しております。
合計は送料込み、消費税別の金額です。 納期は約1週間です。(合成および輸送の過程で若干前後する可能性があります。)

表示内容に間違いが無ければ「次へ」ボタンを押してください。
内容を訂正したい場合は「戻る」ボタンを押してカート情報画面で修正を行ってください。
VI . 「ご連絡先・お届け先確認」
ご連絡先を確認し、製品のお届け先をご選択ください。

  1. ご連絡先にはWEB会員登録の情報が表示されます。この欄の販売店より代金のご請求をさせていただきます。
  2. ご本人の登録ご住所にお届けの場合は「上記の登録住所へお届け」を選択してください。
  3. タカラバイオ指定の販売店にお送りする場合は「上記の販売店へお届け」を選択して、「販売店一覧」より選択してください。その際は販売店のご担当者名もご入力ください。ご不明の際は「不明」を選択してください。
  4. ご登録以外の納入業者またはご住所にお届けの場合は、必要事項の入力をお願いします。

【次へ】ボタンを押すと、「ヒトexonプライマー設計システム注文最終確認画面」へと進みます。

VII. 「ヒトexonプライマー設計システム注文最終確認画面」
最終確認です。【注文する】ボタンを押すと注文が確定し、処理を完了します。
VIII. ご注文内容確認のメールについて
ご注文いただきますと、登録メールアドレスに注文確認メールが届きます。
もし確認メールが届かなかった場合はなんらかの障害が考えられますので、その際は下記までお問い合わせください。
タカラバイオ 受託窓口
TEL:077-565-6999
IX. 履歴
注文完了画面もしくは検索画面から履歴画面へ移動することができます。
履歴画面では、過去に注文したプライマーセットの一覧を見ることができます。
【追加】ボタンを押すことで、以前注文したものと同じものを簡単に注文することができます。
Primer Set IDをクリックすると、ご注文いただいたプライマーの詳細情報を見ることができます。
X. プライマー詳細情報

この画面でご注文いただいたプライマーセットに関する詳細な情報を見ることができます。

Primer基本情報
プライマー配列に関する情報や増幅位置に関する情報のほか、対象遺伝子に関する情報を表示します。
増幅位置
mRNA上でのジャンクションの位置


【UCSC】を押すと、UCSC Genome Browserに移動し、ゲノム上でのプライマー増幅位置と対象遺伝子やその他の遺伝子との関係を見ることができます。

以上で使用法の説明は終わりです。
システムの各ページには【ヘルプ】ボタンを設けております。 操作がわからなくなったときにはどうぞ“ヘルプ”をご参照ください。


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