Perfect Real Time サポートシステムについて

Perfect Real Timeサポートシステムは、インターカレーター法(TB Green検出)によるリアルタイムRT-PCR用に最適化されたプライマーを検索・オンライン注文するためのシステムです。 ヒト、マウス、ラット、ウシ、イヌ、ニワトリ、イネ、シロイヌナズナのRefSeq登録遺伝子またはEnsembl Plants登録遺伝子に対して網羅的にリアルタイムRT-PCR用のプライマーを設計しています。

プライマー設計対象遺伝子は以下のとおりです。

●ヒト、マウス、ラット:RefSeqアクセッション番号 “NM_”(mRNA) および “NR_”(non-coding RNA)
●ウシ、イヌ、ニワトリ:RefSeqアクセッション番号 “NM_”(mRNA) および “XM_”(mRNA)
●シロイヌナズナ:TAIRに準じたEnsembl Plantsアクセッション番号 “AT”
●イネ:RAP-DBに準じたEnsembl Plantsアクセッション番号 “OS”

※TAIRとRAP-DBの正式名称は、以下の通りです。
TAIR     :The Arabidopsis Information Resource
RAP-DB:The Rice Annotation Project Database

ターゲット遺伝子を検索し、ご希望のプライマーセットを選択すれば簡単にオンラインで注文できます。
わずらわしいプライマー設計と反応条件の至適化作業はもう不要です。siRNAの効果の確認、DNAマイクロアレイ解析結果の検証など遺伝子発現定量や遺伝子検出にどうぞお気軽にご利用ください。

■適切なプライマー設計

プライマー設計には、弊社のPCRプライマー設計のノウハウと最新の遺伝子情報データベースを利用し、バイオインフォマティクスを駆使した最適化を行っていますので、研究者にとってわずらわしいプライマー設計の作業が省略できます。
本サポートシステムのプライマー設計条件は次のような特長を持っています。

  • プライマーダイマ−が形成されにくい配列。
  • エキソンジャンクションを挟む設計のためゲノムDNA由来の増幅が起こらない。
  • 既知SNP(dbSNPに登録済み)をプライマー内に含まない。ただし、ヒトに関しては弊社独自の基準により信頼度の高いSNPのみプライマー内に含まない設計とする。
  • ホモロジ−検索による特異性の確認済み。
  • 実験目的に応じて設計領域を選択可能。
    全領域での設計、3′側での設計(オリゴdTプライマーで逆転写反応を行う場合)。

※ これらの条件をできるだけ満たすようにプライマーを設計していますが、すべての条件を同時に満たすことが難しい場合もあります。弊社では、独自のノウハウにより各条件の優先順位を検討して開発したアルゴリズムを用い、プライマーを選択しています。
また、正確なエキソンジャンクション、SNPの情報がない場合には設計条件の対象とはなりません。

■反応条件の至適化作業が不要

タカラバイオのPrimeScript RT reagent Kit (Perfect Real Time) (製品コード RR037A/B)と、TB Green Premix Ex Taq II (Tli RNaseH Plus) (製品コード RR820S/A/B)TB Green Fast qPCR Mix(製品コード RR430S/A/B)TB Green Premix Ex Taq (Tli RNaseH Plus) (製品コード RR420S/A/B)を用いた2ステップリアルタイムRT-PCRの標準PCR条件に最適化されており、リアルタイムPCR装置各機種でPCR条件の至適化作業なしで使用できます。

【ご参考】
逆転写反応には完全プレミックスタイプのPrimeScript RT Master Mix (Perfect Real Time)(製品コード RR036A/B)やゲノムDNA除去反応をプラスしたPrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser (Perfect Real Time)(製品コード RR047A/B)もご利用ください。また、本プライマーは、TB Green Premix シリーズのその他の試薬(製品コード RR091, RR071)でも、それぞれの標準PCR条件で使用できます。また、One Step TB Green PLUS PrimeScript RT-PCR Kit (Perfect Real Time)(製品コード RR096A/B)などの1ステップリアルタイムRT-PCR試薬でもご使用いただけますが、プライマーによっては十分なパフォーマンスが得られない場合があります。その場合は上記キットを用いた2ステップRT-PCRをお試しください。



タカラバイオでは、インターカレーター法のリアルタイムPCR(qPCR)試薬の製品名を2017年10月下旬より順次、「TB Greenシリーズ」に名称変更いたします。製品コードや試薬の性能に変更はありません。
これまで通りご使用ください。
なお、ロット切り替え時の変更となりますので、製品ラベルやチューブラベルに先行してウェブサイト、説明書の記載が変更する場合があります。ご了承ください。

■各種リアルタイムPCR装置で良好なパフォーマンスを確認

Thermal Cycler Dice Real Time Systemシリーズをはじめ、各種リアルタイムPCR装置で良好な結果が得られることを確認しています。詳しくは弊社までお問合わせ下さい。

■プライマー情報を開示

お買い上げいただいたプライマーの配列、位置、GC含量、Tm値、増幅産物の大きさ、ゲノム構造とプライマーの関係などの情報を自由に御利用いただけます。

■オンラインで検索・注文もらくらく

遺伝子名やシンボルなどのキーワード、GeneBank (RefSeq) アクセッション番号、GeneID (LocusID) などで簡単に検索ができます。ご希望のプライマーは検索結果からシームレスにご注文することが可能です。すぐに使える形態でプライマーセットをお届けいたします。
 価格、納期、製品形態などについては、こちらをご覧ください。

RefSeqとは、NCBIで行われているリファレンス配列データと関連情報を提供するプロジェクトで、RefSeqデータベースは、重複がなく正確性や完全性が評価された遺伝子リファレンス配列のデータベースです。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

■発注に際してのご注意

本サービスで設計されるリアルタイムPCR用プライマーは、非常に確度の高いアルゴリズムで設計されていますが、それぞれのプライマー配列ごとに実験的に反応性が確認されているわけではありません。また、データベースに登録されていない配列あるいは極端に類似した配列などの影響により、非特異的な増幅が起こることがあります。
本サービスで設計されるリアルタイムPCR用プライマーは、すべての場合においてプライマーダイマーやその他の非特異的な産物を増幅しないことを保証するものではありません。
プライマー使用時には、鋳型の代わりに滅菌水を添加したNo Template Controlを並行して反応し、非特異的増幅の有無をご確認ください。


お問い合わせは、こちらから

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