PacBio^® RS II を用いた受託サービス開始

1分子リアルタイムDNAシーケンサーであるPacBio RS IIを用いた受託解析サービスを2013年11月から先行受付を開始し、12月よりスタートします。
国内最大級のシーケンサー設備で、より皆様の研究目的に沿ったご提案を行います。

PacBio RS IIの特徴

◆ リード長 平均リード長4,500 bp、最大20,000 bp以上が期待できます。長鎖リードは、ドラフトアセンブルや完全長cDNA配列決定、HLAタイピングなどに非常に有用です。 ※キットや検体によって異なります。 ※新酵素（P5/C3）により平均リード長8,500 bpとなる予定です。 ◆ 1分子シーケンサー ライブラリー作製時に増幅工程をせず直接鋳型をシーケンスします。 PCRによるエラー、AT（GC）-rich配列、繰り返し配列などに対する増幅バイアスの問題が無くなります。 ◆ リアルタイムでの塩基読取 リアルタイムに塩基を読み取る際に得られるカイネティクス情報から、塩基修飾も検出可能です。 ※現在バクテリアメチル化解析（4mC、6mA）に対応しています。

PacBio RS IIを用いた受託サービス例

提供いただいたゲノムDNA（約50 μg程度）から約10 kbのゲノムライブラリーを作製し、ゲノムサイズの×200を目安に配列を取得し、長鎖リード（ゲノムサイズの×20程度）を用いて付属のソフトウェアを用いてアセンブルし、ドラフト配列を取得します。
ゲノムサイズの大きな生物種に関しては、イルミナ社シーケンサーと組み合わせて効率よくScaffoldを構築することができます。

提供いただいたtotal RNA（約50 μg程度）からSMART法を用いて完全長cDNAを作製し、cDNAを複数のサイズに分画します。分画されたcDNAからそれぞれのライブラリーを作製し、シーケンスを取得後、参照ゲノムへのマッピングなどを行います。

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